【BUG】ValueError: Unable to find out axis 2.0 in start_ornt

ValueError: Unable to find out axis 2.0 in start_ornt

问题分析：

这个错误信息来自 nibabel 的 ornt_transform 函数，它是在尝试根据方向信息转换图像轴时出错了：

ValueError: Unable to find out axis 2.0 in start_ornt

这通常说明你传给 ornt_transform(start_ornt, end_ornt) 的参数中有问题，比如：

• start_ornt 或 end_ornt 的格式不正确
• 轴的数量不一致或不符合预期（不是标准的 3D 图像）

解决办法：

1. 检测轴的格式是否正确

   1. 若出现nan，则表明其格式不正确

   img = nib.load(input_path)
   print(f"{input_path}", end=" ")
   start_ornt = nib.orientations.io_orientation(img.affine)
   print(list(start_ornt))
   

2. 修复轴的格式

   1. 获取图像的direction 、spacing 、origin 计算获取affine
   2. 将affine信息写入图像即可

   def sitk_to_affine(image):direction = np.array(image.GetDirection()).reshape(3, 3)spacing = np.array(image.GetSpacing())origin = np.array(image.GetOrigin())affine = np.eye(4)affine[:3, :3] = direction * spacing[np.newaxis, :]  # 列缩放affine[:3, 3] = originreturn affineimage = sitk.ReadImage(input_path)
   affine = sitk_to_affine(image)img = nib.load(input_path)
   data = img.get_fdata()
   fixed_img = nib.Nifti1Image(data, affine)
   nib.save(fixed_img, output_path)