植物small RNA靶基因预测软件,psRobot
psRoto软件安装
- 网址
http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
- 下载和安装
wget http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/program/WebServer/psRobot_v1.2.tar.gz
#
tar -zxvf psRobot_v1.2.tar.gz
#
cd psRobot_v1.2
##
./configure
make
make install
psRoto中的4个程序
- psRobot_map
psRobot_map 用于在较长的参考序列中找到短序列(小于 40bp)的所有完美匹配位置;
- psRobot_mir
psRobot_mir旨在从高通量测序数据中为一批输入序列寻找具有茎环前体的小RNA(如miRNA或shRNA)
- psRobot_tar
psRobot_tar 用于寻找潜在的小 RNA 靶标
- psRobot_deg
psRobot_deg 用于识别用户指定的退化组数据支持哪些小 RNA 靶点
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