VTK.js
VTK.js是一款专为现代浏览器打造的JavaScript 3D可视化库。作为知名VTK(Visualization Toolkit)项目的Web版本,它由Kitware团队精心开发。该库能够高效创建、处理和展示3D模型及数据集,提供互动式的可视化体验。基于WebGL的渲染引擎确保优异性能,同时支持多格式数据输入。其应用场景广泛,涵盖科学可视化、医学影像分析、地理信息系统、工业设计及游戏开发等诸多领域。借助VTK.js,开发者能便捷地在网页端实现专业级的数据可视化效果。VTK.js是一款专为现代浏览器打造的JavaScript 3D可视化库。作为知名VTK(Visualization Toolkit)项目的Web版本,它由Kitware团队精心开发。该库能够高效创建、处理和展示3D模型及数据集,提供互动式的可视化体验。基于WebGL的渲染引擎确保优异性能,同时支持多格式数据输入。其应用场景广泛,涵盖科学可视化、医学影像分析、地理信息系统、工业设计及游戏开发等诸多领域。借助VTK.js,开发者能便捷地在网页端实现专业级的数据可视化效果。
Examples
先用python代码将一组bmp转为3D numpy并降采样,再保存为.vti格式文件
import os
import vtk
from vtk.util.numpy_support import numpy_to_vtk
import numpy as np
from PIL import Image
from scipy.ndimage import zoomdef read_bmp_stack(folder_path, downsample_factor=10):"""读取文件夹中的 BMP 图片,并转换为 3D numpy 数组,同时进行降采样"""file_list = sorted([f for f in os.listdir(folder_path) if f.endswith('.bmp')])if not file_list:raise ValueError("No BMP files found in the folder")sample_image = Image.open(os.path.join(folder_path, file_list[0]))width, height = sample_image.sizedepth = len(file_list)volume_data = np.zeros((depth, height, width), dtype=np.uint8)for i, file_name in enumerate(file_list):img = Image.open(os.path.join(folder_path, file_name)).convert('L')volume_data[i, :, :] = np.array(img)# 进行降采样downsampled_data = zoom(volume_data, (1/downsample_factor, 1/downsample_factor, 1/downsample_factor), order=1)return downsampled_datadef save_vti(volume_data, output_file):"""将 3D numpy 数据保存为 .vti 文件,并确保 <DataArray> 直接包含数据"""depth, height, width = volume_data.shapeimage_data = vtk.vtkImageData()image_data.SetDimensions(width, height, depth)image_data.SetSpacing(1.0, 1.0, 1.0) # 更新间距以匹配降采样比例flat_data = volume_data.flatten(order='C') # C-order 保证正确的数据存储顺序vtk_array = numpy_to_vtk(flat_data, deep=True, array_type=vtk.VTK_UNSIGNED_CHAR)image_data.GetPointData().SetScalars(vtk_array)# image_data.GetCellData().SetScalars(vtk_array)writer = vtk.vtkXMLImageDataWriter()writer.SetFileName(output_file)writer.SetInputData(image_data)writer.SetDataModeToBinary() # 确保 <DataArray> 直接包含数据writer.SetCompressorTypeToZLib() # 启用压缩writer.Write()print(f"VTI file saved: {output_file}")if __name__ == "__main__":folder_path = "../../adata/3dbmps" # 替换为你的BMP文件夹路径output_vti_file = "3dbmp4s.vti" # 输出的 VTI 文件名volume_data = read_bmp_stack(folder_path, downsample_factor=4)save_vti(volume_data, output_vti_file)
不同降采样程度可获得不同大小的vti文件
使用VTK.js库显示vti文件内容
支持先将DICOM文件集转成VTK.JS或VTI格式,再显示出来
DICOM into VTK.JS or VTI files
GitHub - KitwareMedical/dicom-exporter: DICOM file converter in Python
cd dicomexporter
dicom-exporter E:/Working/adata/CircleofWillis E:/Working/adata/dicomtovti.vti
// or
dicom-exporter E:/Working/adata/CircleofWillis E:/Working/adata/dicomtovti.vtkjs