关于RiboSeq分析流程的总结

最近关注了一下RiboSeq的分析方法，方法挺多的，但是无论哪种软件，都会存在或多或少的问题，一点问题不存在的软件不存在，问题的原因出在，1.有的脚本是用python2编写的，目前python2已经不能用了 2.有的没有安装权限 3.有的package过于老旧已经和python3不兼容了

1.RiboTaper

按照官方流程分析

1.1 直接运行：create_annotations_files.bash

1.2 直接运行：create_metaplots.bash

1.3 直接运行：Ribotaper.sh

这一步脚本的步骤比较多，并且中途会报错，接下来就需要自己调整脚本运行了：
3.1

nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/tracks_analysis_multiprocessing.R nonccds 10 /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec &

nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/annotate_exons.R ../annotation/ 10 &