扩增子分析流程——Lotus2: 一行命令完成所有分析
为什么介绍lotus2
- 因为快，作者比较了lotus2流程和qiime2、dada2、vsearch等，lotus2的速度最快、占用内存最小。
- 因为方便，只需要一行代码，即可完成全部分析。
lotus2 -i Example/ -m Example/miSeqMap.sm.txt -o myTestRun
- 而且分类注释更加准确。
综合以上优点，lotus2完全值得尝试，接下来进入实战部分。
Lotus2的安装
推荐conda安装
conda install -c bioconda lotus2
如果失败了，可以尝试：
conda create -c conda-forge -c bioconda --strict-channel-priority -n lotus2 lotus2
安装成功后激活环境：
conda activate lotus2
细菌16s扩增子分析运行命令
lotus2 -i Example/ \ #序列所在位置的文件夹-m Example/miSeqMap.sm.txt \ #map文件，示意文件参考后续内容-o myTestRun2 \ # 输出文件夹，OTU table、tree、运行日志等都会放在这个文件夹中-s configs/sdm_miSeq2.txt \ #配置文件，这个是作者提供的，设定了运行命令所需的参数-p miSeq \ #测序平台，比如我的真菌ITS测序用的是PacBio就填写PacBio即可-amplicon_type SSU \ #真菌ITS测序则填写ITS-forwardPrimer GTGYCAGCMGCCGCGGTAA \-reversePrimer GGACTACNVGGGTWTCTAAT \-CL dada2 \ #聚类的方法-refDB SLV \ #注释用的数据库-taxAligner lambda \ #注释的方法-t 14 #使用的线程数
map文件的示意，注意测序文件和map文件的所在目录。假如我们所在的工作目录为WD，序列位置为：WD/Example/seq.fastq.gz。
| #SampleID | fastqFile | SequencingRun |
|---|---|---|
| ANG1 | PID-0292-1_S1_L001_R1_001.fastq.sm.gz,PID-0292-1_S1_L001_R2_001.fastq.sm.gz | C |
| ANG2 | PID-0292-1_S2_L001_R1_001.fastq.sm.gz,PID-0292-1_S2_L001_R2_001.fastq.sm.gz | C |
这里C的含义不是很清楚，有了解的小伙伴可以留言一下。
真菌ITS扩增子分析运行命令：
lotus2 -i YOURPATH \-p PacBio \-id 0.97 \-CL cdhit \-s configs/sdm_PacBio_ITS.txt \-refDB UNITE \-m ./map.txt \-o ./LotuS2 \-forwardPrimer GTACACACCGCCCGTCG \-reversePrimer CGCCTSCSCTTANTDATATGC \-t 14 \-amplicon_type ITS \-taxAligner vsearch \-buildPhylo 0 \ #一般认为ITS构建的遗传发育树不靠谱，可以不用构建。#Recommendation from author: #We recommend the cautious usage of the #phylogenetic tree for ITS because high #variation of ITS sequences may lead to erroneous trees.