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下载稳定老版本gnuplot v4.6.2

mkdir gnuplot && cd gnuplot

wget https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/4.6.2/gnuplot-4.6.2.tar.gz

tar -zxvf gnuplot-4.6.2.tar.gz

./configure --prefix=$PWD

make

make install

export PATH=/path/to/gnuplot/gnuplot-4.6.2/bin:$PATH

step1: run nucmer for alignment

nucmer --threads 32 --mum -D 5 -p

-D, --diagdiff=uint32 Set the maximum diagonal difference between two adjacent anchors in a cluster (5)

-p, 前缀

subject和query是序列，fasta

step2: filter alignment result

delta-filter -i 85 -l 8000 -o 85 .delta -1 > .best_delta

-i，最小alignment相似性阈值

-l，小写L，最小的alignment长度

-o 和-r,-q相关，可以理解为alignment coverage

-1，数字1，指定是否进行一对一的比对，一个位置(subject或query上)只找一个最佳的比对。特别是对大的基因组一定要加这个选项，否则会异常慢

step3: generate figure using mummerplot

mummerplot -p .best_delta -t postscript

采用上一步过滤后的结果.best_delta画图，这里生成的是ps格式的图，虽然-t可以指定png图，但是结果显示生成的png图分辨率太低。

-t 格式
-s small/large font and dot size

step4: convert ps format to png

/usr/bin/ps2pdf .ps .pdf

convert -density 300 .pdf .png

ps2pdf可以将ps格式的文件转pdf

convert是imagemagick包中的一个子程序，可将pdf转为png