bismark OT CTOT OB CTOB 以及mapping后的bam文件中的XG,XR列的含义
首先，OT，OB，CTOT，CTOB都是描述测序reads的，而不是描述参考基因组的。
bisul-fate建库会将DNA双链文库中非甲基化的C转化成U。转化结束后，被转化的U和互补链的G并不配对。此时正链（+，OT，original top strand）和反链（-，OB，original bottom strand）中，均为C to T转换的原始reads。
上述的reads经过PCR扩增后，正反单链均产生完全互补链。OT的互补链为CTOT（Complementary original top strand），OB的互补链为CTOB（Complementary bottom strand）。可知CTOT和CTOB均为GA转换。
图片引用自：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/163495878
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正链（+）：是指 FASTA 文件中提供的原始序列本身，即参考基因组中记录的那条链。
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负链（-）：是指 FASTA 文件中记录的序列的反义链，也就是将参考序列取反向互补得到的链。
关于bismark比对，可以参考这篇：
https://www.zxzyl.com/archives/759/
比对生成的bam文件中，XR字段如果是CT，表示该reads是经过CT变换后匹配到了基因组中，即该reads属于OB或者OT；此时若XG字段为GA，表示它mapping到了参考基因组正链中的GA变换也就是反链中的CT变换，即表示它属于反链，即OB。如上图，即（2）对应的情况（reads上的C全部转换成T，然后mapping到了基因组正链GA转换。）
列个表供参考：
| XR | XG | 说明 | Strand |
|---|---|---|---|
| CT | CT | read 是 C→T（OB或者OT），基因组是 C→T（OT或CTOT） | OT |
| CT | GA | read 是 C→T（OB或者OT），基因组是 G→A（OB或CTOB） | OB |
| GA | CT | read 是 G→A（CTOT或者CTOB），基因组是 C→T（OT或CTOT） | CTOT |
| GA | GA | read 是 G→A（CTOT或者CTOB），基因组是 G→A（OB或CTOB） | CTOB |