小RNA的测序技术路线以及分析流程

小RNA（SmallRNA）是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序，达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRNA 分子的挖掘、靶基因的预测和鉴定和样品间差异表达分析等科学应用。

在下机数据中分好数据后，就要开展RawData—>CleanData的步骤。

1) 数据产出统计 
2) 去除低质量、污染及接头后的序列长度分布统计； 
3) 不同样本间的序列情况统计； 
4) 与参考序列比对情况统计（需甲方提供参考序列信息）； 
5) 与已发布miRNA数据库的比对统计； 
6) 与已发布rRNA数据库的比对统计； 
7) 重复序列注释统计； 
8) 与mRNA、exon、intron的相关度统计； 
9) 小RNA注释统计； 
10) 新的miRNA预测； 
11) 不同样本间的差异统计分析； 
12) 靶基因预测；

——待续